Założycielami Zakonu Cysterskiego są święci: Robert z Molesme (+1110), Alberyk (+1109) i Stefan Harding (+1134).
Zakon Cystersów został założony w 1098 przez św. Roberta z Molesmes. Opuścił on zakon benedyktynów i założył klasztor we Francji w miejscowości Citeaux (Cistercium) koło Dijon.
W 1099 kierowanie opactwem zostało przez papieża Urbana II powierzone Alberykowi.
Kolejno opat Stefan Harding oraz św. Bernard z Clairvaux przyczynili się do znacznego rozkwitu zakonu. W latach 1113-15 powstały protoopactwa La Ferte, Pontigny, Clairvaux i Morimondo, które następnie dały początek nowym opactwom.
W roku 1134 cystersi posiadali juz ponad 70 opactw, a w 1153 już 345.
Natomiast żeńska gałąź zakonu powstała w 1125, w Tart, niedaleko Citeaux.
W połowie XVII w. dokonał się podział zakonu na zwykłą i reformowaną obserwancję tzw. trapistów. Nazwa pochodzi od klasztoru La Trappe, gdzie najwybitniejszą postacią był Armand J. B. Rance (+1700).
Do Polski cystersi zostali sprowadzeni w roku 1140 do miejscowości Jędrzejów. Pierwszym klasztorem żeńskim w P. była Trzebnica założona w 1202 przez św. Jadwigę Śląską.